Вот и посмотрим, удаляем.

И пробуем объединить.

Нас предупредили что элемент удален. Посмотрим что будет при замещении объекта.

Элемент справочника пропал, но есть режим объединения. Испытаем его (если вы сами делаете все что читаете то не сохраняйте изменения).

Элемент справочника останется.

Вывод, если Вы добавляли данные в конфигурацию то нужно делать объединение !!!